По данным метеорологической службы на 6 июня, сила порывов ветра в районе аэропорта достигала 5–8 метров в секунду в попутном направлении при посадке самолета. В результате на прилет и вылет были задержаны ряд рейсов, некоторые пришлось переориентировать в близлежащие аэропорты.

Так, самолет «Оренбургских авиалиний», следовавший из Анталии, был вынужден совершить посадку в Минводах утром 6 июня. В аэропорт Краснодара рейс № 7738 вернулся только после 16.00 того же дня. Соответственно, последующий вылет самолета в Анталию был перенесен на 19.40. На прилет из Анталии был задержан также рейс UTair (№ 5003), самолет был отправлен на запасной аэродром, вернуться с которого он смог только ближе к вечеру, сообщает пресс-служба компании «Базэл Аэро».

Кроме этого, на вылет из Краснодара задержан рейс в Барселону (№ 3681) авиакомпании «Уральские авиалинии» в Барселону. Подверглось изменениям и внутреннее расписание: самолет «Аэрофлота» из Москвы был направлен в Анапу (рейс № 1248), «Донавиа» из Екатеринбурга — в Сочи (рейс № 5345), борт «Саравиа», вылетевший утром 6 июня из Саратова в Краснодар (рейс № 9545), вернулся в аэропорт вылета.
В настоящее время аэропорт Краснодара работает в штатном режиме.